В договоре цена указана с НДС, а в акте — частично без НДС

Добрый день! Помогите пожалуйста разобраться,в договоре указана сумма с НДС, а по акту выставления работ на осн.ст. 149 НК РФ п.п.26п.2 сумму частично нужно выставлять без НДС. Также указан срок окончания работ который уже просрочен. Что нужно сделать, чтобы налоговая не придралась к договору и акту,какие внести дополнения??? Буду очень благодарна за ответы!!!!!